1.新生儿沙眼衣原体眼炎
出生<30d的新生儿结膜炎应考虑沙眼衣原体感染，如果母亲有沙眼衣原体感染史更提示新生儿眼炎由沙眼衣原体感染引起。尽管红霉素眼膏预防新生儿沙眼衣原体眼炎的疗效尚不清楚，但可有效预防NG眼炎的发生，应当使用。
诊断：诊断沙眼衣原体眼炎的敏感方法包括培养和非培养测试〔例如直接免疫荧光法(DFA)，酶联免疫法(EIA)和NAATs〕。标本必须包含结合膜细胞，而不仅仅是分泌物。诊断为沙眼衣原体感染不仅要治疗新生儿，也提示需要治疗患儿母亲和其性伴。标本需同时检测沙眼衣原体和NG。DFA是FDA批准的一项用于结膜拭子标本沙眼衣原体感染的非培养测试方法。
推荐方案：红霉素碱或琥乙红霉素50mg·kg-1·d-1，分4次口服，共14d。
替代方案：阿奇霉素混悬剂20mg·kg-1·d-1，口服，1次/d，共3d。不主张单独局部采用抗生素治疗沙眼衣原体眼炎。应用全身治疗者不需要再局部用药。 随诊：红霉素有效率约80%，可能需要第2个疗程治疗。有报道称，以红霉素治疗周龄<6周的婴儿，口服红霉素与婴儿肥大性幽门狭窄(IHPS)的发生有相关性。应对用红霉素治疗的婴儿进行随诊，观察有无IHPS的症状和体征。尚无证据表明阿奇霉素治疗新生儿眼炎的疗效，因此需随诊以确定疗效。同时也需要考虑沙眼衣原体肺炎可能。
管理母亲和其性伴：对沙眼衣原体感染新生儿的母亲和其性伴也应该给予评价。
2.新生儿沙眼衣原体肺炎
新生儿沙眼衣原体肺炎通常发生在1～3个月婴幼儿，是一种亚急性肺炎。对年龄在1～3个月所有怀疑有肺炎的婴幼儿进行沙眼衣原体检测。新生儿沙眼衣原体肺炎主要表现包括：(1)重复发生的短促咳嗽和呼吸促迫；(2)X线检查显示肺充气过度和弥漫性浸润。血嗜酸粒细胞增多(≥400个细胞/mm3)。患儿气促罕见，通常无典型发热。
诊断：从鼻咽部采集标本检测沙眼衣原体。培养法是诊断沙眼衣原体肺炎的金标准。非培养法诊断鼻咽部沙眼衣原体感染的灵敏度低于眼部沙眼衣原体感染。美国FDA仅批准DFA测试用于鼻咽部沙眼衣原体感染，但其灵敏度及特异度均较培养法低。如果采集到气管吸出物或肺活检标本，均应检测沙眼衣原体。
推荐方案：红霉素碱或琥乙红霉素50mg·kg-1·d-1，分4次口服，共14d。
替代方案：阿奇霉素20mg·kg-1·d-1，1次/d，共3d。
随诊：红霉素有效率约80%，可能需要第2个疗程治疗。推荐对新生儿随诊以确定肺炎是否治愈，一些沙眼衣原体肺炎患儿在儿童期可能出现肺功能异常。 管理母亲和其性伴：对沙眼衣原体感染患儿的母亲和其性伴也应该给予评价和按推荐的方案治疗。
沙眼衣原体感染母亲分娩的新生儿：未治疗的沙眼衣原体感染母亲其新生儿有感染沙眼衣原体的高危因素，但并不推荐对这些新生儿应用抗生素预防，应严密监测和在症状发展时治疗。
3.儿童沙眼衣原体感染
围生期沙眼衣原体感染鼻咽部、泌尿生殖器官和直肠后，感染可持续2～3年。对性虐待儿童也应考虑沙眼衣原体感染的可能。
诊断：NAATs可用于女童阴道和尿液标本检测，但不推荐用于男童和性器官以外的部位(直肠和口咽)。培养法仍是检测男童和性器官以外的部位(直肠和口咽)沙眼衣原体感染的首选方法。不推荐使用非培养法，如DFA用于儿童沙眼衣原体感染的诊断。
推荐方案：患儿体质量<45kg：红霉素碱或琥乙红霉素50mg·kg-1·d-1，分4次口服，共14d。有关阿奇霉素治疗体质量<45kg的沙眼衣原体感染患儿的疗效及最佳剂量的研究资料有限。患儿体质量≥45kg，年龄<8岁：阿奇霉素1g，单次顿服。患儿体质量≥45kg，年龄≥8岁：阿奇霉素1g，单次顿服或多西环素100mg，口服，2次/d，共7d。
随诊：必须在治疗2周后通过培养法确定疗效。
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